Dwie ważne właściwości hybrydyzacji to:

1. Reakcja hybrydyzacji jest specyficzna - sonda wiąże się tylko do sekwencji komplementarnej.
2. Hybrydyzacja jest wybiórcza - czyli zachodzi pomiędzy komplementarnymi molekułami RNA mimo obecności dużej ilości niekomplementarnych molekuł. Tak więc sonda może wiązać się wybiurczo do obiektu docelowego w roztworze bilionów spokrewnionych lecz nie identycznych molekuł.

Techniki hybrydyzacji są nieocenione ponieważ w komórce znajduje się tysiące genów i tysiące różnych mRNA. Po uwolnieniu zawartości komórki podczas ekstrakcji DNA, RNA lub białka ostatecznie izolujemy mieszaninie genomowego DNA lub całkowite RNA. Analiza specyficznego genu lub jego produktu (mRNA) w takiej mieszaninie nie byłaby możliwa jeśli techniki których używamy nie pozwalałyby na specyficzne wykrywanie konkretnej molekuły RNA lub DNA.