Tworzenie hybryd w roztworze nie ma większego sensu - ponieważ po zmieszaniu roztworu RNA z roztworem radioaktywnej sondy uzyskamy radioaktywny roztwór w którym nie będzie można określić które transkrypty tworzą hybrydy z sondą. Dlatego przed hybrydyzacją RNA rozdziela się na żelu a następnie unieruchamia na podłożu stałym (immobilizacja) dzięki czemu pozostaje ono na swoim miejscu podczas hybrydyzacji i odpłukiwania niezwiązanej sondy. Ostatnim etapem northerna jest detekcja miejsc wiążących sondę odpowiadających położeniu sekwencji RNA komplementarnych do sondy.