Przygotowanie żelu (1,3%, 30ml)

1. Rozpuść 0,39g świeżej agarozy w wodzie wolnej od RNaz. Wsyp agarozę do 26,1 ml wody i rozpuść w kuchence mikrofalowej mieszając co kilkadziesiąt sekund. Po rozpuszczeniu agarozy pozostaw ją na 5 minut w temp. 90-100oC (można w kuchence nastawionej na najmniejszą moc lub wstawiając do zlewki ze świeżo zagotowaną wodą).
2. Dodaj 3ml buforu 10xMOPS-EDTA[3] (trzeba mieszać i/lub dodawać lekko ogrzany bufor aby uniknąć krzepnięcia żelu).
3. Schłódź żel do temp. ok. 50oC (nie jest zbyt gorąca aby przyłożyć do policzka). Najlepiej schładzać w wodzie w styropianowym pudełku (dodaj do pudełka tyle wody ile w zlewce jest żelu).
4. Pod wyciągiem dodaj dwa razy 0,76ml 37% formaldehydu⁶ (wtym stężeniu zwany jest formaliną).
5. Wylej żel do dokładnie wypoziomowanej wanienki. (Żele do northern'a nie powinny być grubsze niż 3mm, dlatego ważne jest dokładne wypoziomowanie wanienki na żel).
6. Żel powinien powoli zastygać więc trzeba wylewać go w ciepłym miejscu (ale nie cieplej niż 37oC).