Home Zadania Teoria Index
Up
Previous Next

Opis strony BOXSHADE
(proszę korzystać z oryginalnej strony, bo poniżej jest tylko atrapa)

  BOXSHADE 3.21

Pretty Printing and Shading of Multiple-Alignment files

 The List of frequently asked questions has been updated. There is now a C-version of BOXSHADE running on all UNIX systems. If you use a Mac, check out the new MacBoxShade. See the FAQ file for details and availability.
This server uses version 3.21 of BOXSHADE, written by K. Hofmann and M. Baron. BOXSHADE is available by anonymous ftp. The available version runs on PCs, VMS- and OSF1-machines and includes much more options than are implemented on this server.

This server takes a multiple-alignment file in either GCG's MSF-format or Clustals ALN-format. Output can be created in the following formats:

  • Postscript/EPS (using shaded background)
  • RTF old (using colors)
  • RTF new (using shaded background)
  • XFIG-files (using shaded background)
  • ASCII (showing similarities)
  • ASCII (showing differences)
  • HPGL (using colors)
  • PICT (for later editing on MACs and PCs)

If you have problems using this server (like getting no result),read this and see theFAQ list. 

Output Parameters

Output Format
Font Size
Consensus Line

Shading strategy

Fraction of sequences that must agree for shading
If 'consensus to a single sequence' required, enter sequence number:

Your query sequence's name (optional):

Paste your multiple-alignment file below:Format

When pasting MSF or ClustalW files, please make sure that the pasted text starts with the header line of the alignment and contains no extra blank lines at the bottom.

 
Go back to the ISREC-Bioinformatics home page

BOXSHADE pozwala na graficzne przedstawienie alignmentu kilku sekwencji.(na końcu tej strony jest przykładowy wynik).

Input - opcja 1.
Najwygodniej  BOXSHAD´em obrabia się multiple alignments generowane w GCG (są to pliki w formacie *.msf ). Należy pamiętać, aby wpisywać (copy-paste) całą zawartość pliku *.msf (łacznie z nagłówkiem).

Input - opcja 2
(opcja ta nie zawsze działa poprawnie)
Jeśli nie dysponujemy programem do tworzenia alignmentów sekwencji, to można skorzystać z np. dostępnego przez Internet ClustalW (opisany jest jako multiple alignment at Baylor College of Medicine). Jednak przy korzystaniu z ClustalW należy pamiętać o dwóch rzeczach:
1. Wpisujemy tylko fragment ClustalW zatytuowany "Alignment Data (Fasta format)"
2. Nazwy sekwencji (np ">nazwa1") użyte w ClustalW muszą mieć zbliżoną długość.

 Poniżej przedstawiono wynik działania BOXSHADE. Jako multiple alignment wpisano (copy-paste) całą zawartość pliku *.msf (wynik multiple alignment z GCG), a jako "Output Parameters" wybrano RTF_new (czytany jest przez MS Word´95) lub postscript (pod UNIX´em wyświetlamy go komendą "ghostview nazwa_pliku.ps"). BOXSHADE
[Home] [Zadania] [Teoria] [Index]