Po rozdziale RNA lub DNA na podstawie różnic w masie cząsteczkowej, musimy je unieruchomić przenosząc na membranę. Robimy to dlatego, że hybrydyzacja w żelu nie zachodzi zbyt dobrze. Ta procedura nazywana jest blotowaniem (dlatego mówimy northern blot lub Southern blot). Zwykle jako "solid support" wykorzystuje się membrany nylonowe lub filtry nitrocelulozowe (nazywane filtrami ponieważ pierwotnie były one używane jako papier filtrujący). DNA i RNA bardzo dobrze wiąże się do powierzchni membrany w sposób niezależny od sekwencji.
DNA i RNA przenosi się na membranę najczęściej poprzez transfer kapilarny, w którym molekuły przemieszczają się wraz z strumieniem buforu przepływającego przez żel.
Zauważ, że w Southernie, DNA w żelu jest dwuniciowe, tak więc trzeba go zdenaturować, bo sonda może wiązać się tylko do jednoniciowego DNA.
RNA już podczas elektroforezy znajduje się w postaci jednoniciowej umożliwiającej wiązanie się sondy.