Elektroforeza

Próbki na żel można nanieść w sposób standardowy (1ul bromku etydyny dodajemu bezpośrednio do każdej próbki) lub jeśli mamy bardzo dużo próbek to:

1. Pod wyciągiem, gdzie krzepnie żel, do każdej kieszonki dodajemy 10ul dziesięciokrotnie rozcieńczonego bromku etydyny.
2. Żel z bromkiem wkładamy ostrożnie do buforu (1xMOPS-EDTA) do aparatu do elektroforezy i taki pusty żel puszczamy w odwrotną stronę (+ od strony studzienek), czekamy 2-5 minut aż bromek przejdzie ze studzienek w żel poniżej.
3. Zamieniamy elektrody (- od strony studzienek).
4. Nanosimy próbki (bez bromku) i włączamy elektroforezę (bromek idzie w przeciwną stronę niż RNA i DNA, więc bromek idąc do (-) wymiesza się z RNA idącym do (+).

Elektroforezę prowadzimy przy niskim napięciu (np. 18 godzin 5-20V, czyli najmniejsze napięcie jakie daje zasilacz do elektroforezy), mieszając bufor co kilka godzin i najlepiej z chłodzeniem od dołu (puszczanie elektroforezy w chłodni nie ma sensu bo bufor będzie bardzo intensywnie parował). Aby uzyskać chłodzenie aparatu od dołu można włożyć aparat z buforem do kuwety i wsypać do kuwety pod aparat, lód z wodą. Można też po włożeniu aparatu z buforem do kuwety zamiast wsypywania lodu z wodą można umieścić tę kuwetę na zlewie i doprowadzić do niej rurką zimną wodę (zimna woda z kranu wpływa do kuwety obmywa aparat i wylewa się z drugiej strony kuwety do zlewu)

Jeśli nie zależy nam na jakości rozdziału to można puszczać elektroforezę przy napięciu 5V/cm odległości między elektrodami. Należy pamiętać, aby aparat do elektroforezy był bardzo dobrze wypoziomowany, ponieważ optymalnie powinno być około 1mm buforu nad żelem.

Elektroforezę prowadzimy, aż barwnik (bromophenol blue) przemieści się do 1/2-2/3 długości żelu. Żel z rozdzielonym RNA można oglądać na transiluminatorze UV (oczywyście jeśli wcześniej dodaliśmy do RNA bromku etydyny). Nie zaleca się barwienia żelu po elektroforezie bromkiem etydyny. Formaldehyd powoduje bardzo wysokie tło jeśli dodamy bromek etydyny do żelu i utrudnia odbarwianie (odbarwianie żelu ułatwiają substancje zawierające grupu aminowe, np. triss, mocznik, itp).