W celu trawienia chromatyny nukleazą Micrococcus (MNazą, nukleazą mikrokokalną)
stosowano procedurę izolacji chromatyny opisaną powyżej (Moehs i wsp., 1988),
z następującymi modyfikacjami. Po rozdrobnieniu materiału w homogenizatorze
Waringa materiał (4 gramy odsączonej, tygodniowej zawiesiny komórek) zwirowywano,
a osad zawieszano w buforze II w homogenizatorze Pottera. Procedurę tę powtarzano
jeszcze raz, zawieszając osad w 40 ml buforu do nukleazy mikrokokalnej (1 M
sorbitol, 0,1 M CaCl2, 10 mM PIPES (kwas 1,4-piperazodietanosulfonowy), świeży
0,1 mM PMSF (fluorek fenylometylosulfonowy)). Próbki wirowano następnie przez
40 minut przy 18000 obrotach na minutę, zaś osad zawieszano w 1,2 ml buforu
do MNazy i dzielono na równe porcje. Porcje te podgrzewano przez 5 minut do
temperatury 37
C, dodawano do nich 120 U enzymu (Fermentas, Wilno,
Litwa), i inkubowano w 37C przez ściśle określony czas (0, 1, 3,
10 minut). Reakcję zatrzymywano przez dodanie równej objętości buforu STOP (20
mM Tris-HCl, pH 7,5; 15 mM EDTA, 15 mM EGTA, 150 mM NaCl, 0,3% SDS) i poprzez
przeniesienie do temperatury lodu (0C).